Avec cet accord, l'objectif de la directive a été élargi : celle-ci visera à protéger les eaux souterraines contre la pollution et la détérioration et non pas seulement contre la pollution comme l'avait demandé le Conseil dans sa position commune.
De plus, les états membres seront tenus de prendre toutes les mesures nécessaires pour prévenir le rejet dans les eaux souterraines de toutes substances dangereuses et ne doivent pas seulement s'efforcer de prévenir ce type de pollution. Ces substances dangereuses comprennent notamment le cyanure, l'arsenic, les produits biocides et phytopharmaceutiques figurant dans une annexe de la directive-cadre sur l'eau adoptée le 23 octobre 2000.
En revanche, la pollution par les nitrates d'origine agricole ne sera pas couverte par la directive sur les eaux souterraines. La valeur limite de 50mg/l pour ce type de pollution se trouve donc maintenue dans la directive de 1991 sur les nitrates, indique le parlement. Par contre les députés ont obtenu que des aides spécifiques en cas de perte de revenus soient envisagées via le règlement sur le développement rural.
Par ailleurs, le texte proposé et approuvé par le Parlement n'imposera pas de normes uniques à l'échelle de l'UE à l'exception des pesticides mais vise à harmoniser les méthodes de mesure des polluants potentiels.
Selon l'Ifen, en France, la contamination par les pesticides concerne l'ensemble du territoire, métropole et départements d'outre-mer (DOM). Elle touche aussi bien les eaux superficielles que les eaux souterraines, préférentiellement au niveau des zones anthropisées par l'agriculture et par l'urbanisation.