En juin 2003, la Commission Européenne avait saisi la Cour à la suite d'une plainte dénonçant la dégradation du milieu aquatique de l'étang de Berre, notamment par EDF.
En effet, les rejets d'eau douce effectués par la centrale hydroélectrique de Saint-Chamas dans les Bouches-du-Rhône, déstabilisent le milieu de l'étang constitué d'eau salée, en faisant varier la salinité de la lagune entre 25g/l à 10 g/l selon l'activité de turbinage. De plus, les eaux de la centrale étant chargées en limons, les rejets provoquent l'envasement du nord de l'étang.
Par ailleurs, la Cour affirme qu'un volume moyen annuel d'eau rejeté même limité de 2 à 2,3 milliards de m3 constitue une quantité considérable, notamment si on le compare au volume de l'étang de Berre qui est de seulement 900 millions de m3.
Enfin, elle précise que l'influence néfaste de tels déversements pour l'équilibre écologique de l'étang de Berre, au regard tant de leurs quantités excessives par rapport à la capacité de l'étang que de leurs fluctuations était notoirement connue par la France.
La condamnation de la France par la justice européenne est une victoire décisive, a jugé l'une des associations militant pour la réhabilitation de l'étang.
Toutefois, EDF n'est pas le seul responsable de la pollution de l'étang. D'autres sources de pollution sont aussi à prendre en compte comme la quantité excessive de sels nutritifs d'origine domestiques (via les stations d'épuration qui ne traitent pas entièrement les eaux usées et via les cours d'eau), industrielle et agricole (épandage d'engrais en excès).