En effet, dans un arrêt (C-505/03 du 28 octobre 2004), la Cour européenne de justice a estimé que la France ne respectait pas les exigences de la Directive de l'Union européenne 80/778/CEE du Conseil, du 15 juillet 1980, relative à la qualité des eaux destinées à la consommation humaine.
Cette directive établit des normes de qualité pour l'eau potable et constitue un instrument capital pour la protection de la santé publique. Ces normes s'appliquent à une large gamme de substances, de propriétés et d'organismes (appelés paramètres). La directive est particulièrement stricte en ce qui concerne les paramètres microbiologiques, étant donné leurs implications pour la santé publique. Elle prévoit une concentration maximale en nitrates de ces eaux de 50 milligrammes par litre.
En dépit des programmes de reconquête, mené par la France notamment l'amélioration des pratiques agricoles, la mise en place d'un observatoire des ventes d'azote et de produits phytosanitaires, ainsi que l'objectif de 10% de contrôle des exploitations par an, la situation reste globalement mauvaise en matière de nitrates. Selon des chiffres français cités par la Commission européenne, 4,4% de la population de la région Bretagne était toujours approvisionnée en 2001 par une eau potable dépassant ce seuil.
Selon le minstère, le développement de l'agriculture bretonne a été fondé sur une très forte intensification des productions et un large recours à l'élevage hors-sol conduisant à des crises agricoles répétées et à une détérioration très importante de la qualité de l'eau (nitrates, pesticides).