En 1982, une première étude avait estimé que 74 millions d'euros seraient nécessaires au désensablement de la baie. En 1995, lors du lancement officiel de l'opération, ce montant était passé à 134 millions d'euros, répartis entre les collectivités territoriales et l'État, avec les contributions de l'Union européenne et de l'Agence de l'eau.
L'Etat devait financer à hauteur de 65 millions d'euros alors que les régions Basse-Normandie et Bretagne investissaient respectivement 26 et 4,5 millions d'euros et que les départements de la Manche et de l'Ille-et-Vilaine, débloqueraient 8,5 et 4,5 millions d'euros.
Mais Philippe Duron, président du conseil régional de Basse-Normandie et président du syndicat mixte chargé de la maîtrise d'ouvrage du projet, a récemment prévenu que le budget pourrait être augmenté de 57 millions d'euros, notamment en raison d'une sous-estimation du coût de l'évacuation des tonnes de sédiments qui continuent d'affluer au pied du Mont. Le syndicat va donc devoir procéder à un nouveau tour de table auprès des actuels partenaires, mais ce surcoût ne devrait pas entraîner une remise en question du projet qui reste l'une des priorités du Conseil régional de Basse-Normandie.
Notons par contre que la navette prévue pour le transport des visiteurs entre la terre ferme et le Mont et qui devait se substituer à l'actuelle digue, ne serait plus suffisante pour un site visité chaque année par plus de 3,2 millions de personnes. Aucune date n'est donc plus avancée pour la destruction de cet ouvrage.