Même si les quantités de substance active utilisées sur le réseau ferré national représentent moins de 0,3 % des ventes totales, ces apports se font sur des secteurs étendus traversant parfois des zones particulièrement sensibles à la pollution des eaux par les pesticides. C'est pourquoi, dans le cadre du plan interministériel de réduction des risques liés aux pesticides présenté en juin 2006, le ministère de l'agriculture (MAP) et le ministère de l'écologie (MEDD) ont signé un accord-cadre avec la SNCF et le RFF. Celui-ci, d'une durée de trois ans, a pour objet de définir un cadre général d'actions d'intérêt commun portant sur l'utilisation des produits phytosanitaires et la réduction de leur impact sur la qualité de l'eau.
Ainsi, à travers cet accord-cadre, la SNCF et RFF s'engagent à mener une veille technologique et des actions de recherche et d'expérimentation dans le domaine des aménagements permettant de réduire l'apparition de végétation ainsi que dans le domaine des techniques de désherbage. Pour réduire l'impact environnemental de cette pratique, les deux sociétés s'engagent également à poursuivre les efforts de réduction d'utilisation, de sélection des produits phytosanitaires et de sensibilisation du personnel. Par ailleurs, une disposition de l'accord-cadre demande aux deux sociétés d'assurer la traçabilité des produits utilisés (dose, molécules, périodicité, matériel utilisé…) afin de mesurer de manière plus précise la réduction des tonnages de substances actives utilisée. Enfin, la SNCF et RFF doivent mettre en place des actions d'information, de communication et de sensibilisation en interne auprès des personnels SNCF concernés par l'entretien, et en externe notamment auprès des prestataires de service, des organismes officiels chargés de l'évaluation et de la gestion des risques, des administrations, des organismes institutionnels tels les agences de l'eau et les organismes avec lesquels les établissements ferroviaires peuvent avoir des interactions.
De son côté, le MEDD s'engage à soutenir les deux sociétés dans leurs projets en leur apportant aide financière et assistance scientifique et technique, dans le cadre de conventions financières correspondantes. Le ministère devra également assurer l'information des établissements ferroviaires en relation avec les autres ministères concernés au sujet des zones particulièrement vulnérables au regard de la pollution de l'eau par les produits phytosanitaires et faciliter l'organisation des échanges entre les établissements publics et les agences de l'eau. Le MEDD souhaite également inciter l'ensemble des organismes à caractère public à apporter leur appui aux projets en s'inscrivant dans le champ de l'accord-cadre.
Le ministère de l'agriculture s'engage, quant à lui, à apporter son appui réglementaire et technique sur les produits phytosanitaires à utiliser et les méthodes de lutte à appliquer contre la flore indésirable. Le ministère s'engage en outre à faciliter les échanges entre les établissements publics et les services régionaux de la protection des végétaux.
Depuis plusieurs années la gestion des pesticides est une préoccupation de la SNCF qui mène une politique de réduction des quantités de produits utilisés. Il semblerait que la quantité annuelle appliquée sur le réseau ferré ait diminué de plus de 40 % sur les 20 dernières années. Désormais, les traitements sont adaptés en fonction du milieu : respect des périmètres de protection des captages en eau potable, interruption des traitements au franchissement des cours d'eau… Une réflexion est en cours pour élaborer un système de traçabilité de l'enherbement permettant de ne déclencher les traitements de cette partie que lors de l'apparition des premiers végétaux. D'autre part, la SNCF teste actuellement un système de détection infrarouge embarquée qui permet d'identifier la présence de végétation et de traiter localement à mesure de sa découverte. Après validation technique de l'engin prototype, la SNCF procédera à l'équipement infrarouge de l'ensemble du parc de trains désherbeurs pour un investissement de plus de 2 millions d'euros.
Toutefois, de nombreux progrès sont encore possibles puisque les risques de contamination de l'eau peuvent en outre intervenir aux différentes étapes de mise en œuvre du traitement : stockage des produits, préparation des produits, lavage et rinçage des cuves, élimination des reliquats, des produits non utilisables et de leur emballage…