Si le comité scientifique n'a pas identifié de risques majeurs pour la santé et l'environnement, le comité économique, éthique et social (CEES) est beaucoup plus réservé sur le bien fondé de l'utilisation de cette pomme de terre, du fait de la présence d'un gène marqueur de résistance aux antibiotiques. ''Certains estiment que, du fait du manque de connaissances sur la microbiologie du sol, une précaution maximale devrait être adoptée sous forme d'interdiction d'Amflora ; l'autorisation de cette pomme de terre véhiculerait pour eux un message négatif au regard des efforts de prévention des résistances aux antibiotiques. D'autres invitent à prendre acte de l'absence de risque à laquelle concluent les scientifiques et observent que le principe de précaution n'implique en rien de parvenir à un hypothétique risque zéro'', explique le communiqué de presse. Tous les membres s'accordent pourtant ''sur le fait qu'il convient à l'avenir de faire l'économie de ce type de gène'', le gène marqueur nptII qui confère à Amflora une résistance à différents antibiotiques de la famille des Aminoglycosides et qui était très largement utilisé pour sélectionner les plantes transgéniques dans les années 90, c'est-à-dire au moment où Amflora a été développée.
Le CEES note également que, bien que cette pomme de terre ''constitue une avancée technique notable pour la production industrielle de fécule (…), d'autres variétés de pomme de terre, placées hors du champ d'application de la directive 2001/18 [sur la dissémination d'OGM], sont déjà ou seront bientôt sur le marché et permettent d'obtenir un taux d'amylopectine comparable à celui d'Amflora. Ces variétés ne contiennent pas de gène de résistance aux antibiotiques''. D'ailleurs le CEES relève qu'aucun opérateur français n'a fait une demande de mise en culture et que ''l'industrie papetière paraît de son côté se satisfaire des amidons actuellement disponibles''.