Diplômé en mécanique et en chimie à l'université technologique de Delft, Bertrand van Ee a entamé sa carrière au sein de la multinationale américaine d'ingénierie et de construction, Fluor, en 1983. Il y a occupé plusieurs fonctions avant d'accéder, en 2000, au poste de vice-président. Quatre ans plus tard, il rejoint Royal HaskoningDHV, une société indépendante d'études en ingénierie, localisée aux Pays-Bas, en tant que Président directeur général. En 2012, en parallèle de ces fonctions, il prend les rênes de l'équipe du gouvernement néerlandais pour la promotion à l'export des compétences des Pays-Bas dans le secteur de l'eau.
Bertrand van Ee est président de l'Académie de technologie et innovation (AcTI) néerlandais et membre des Académies de l'ingénierie en Europe (Euro-case) et à l'international (CAETS).