Les exploitants des services d'eau et d'assainissement sont chargés de percevoir les redevances dues aux agences de l'eau. Depuis le 1er janvier 2018 et le décret 2018-1850, cette rémunération n'est pas due lorsque son montant est inférieur à 100 euros. Selon le ministère, cette modification vise à réduire les coûts et charges administratives pesant à la fois sur les agences de l'eau au titre du traitement des factures de faibles montants mais également sur les exploitants pour qui la rémunération perçue est proche ou inférieure aux coûts de recouvrement.