Frédéric Cherqui est diplômé de l'ENS Cachan, agrégé de génie civil et titulaire d'un master de l'école des Mines de Paris. Il devient maître de conférences à l'Université Lyon 1 en 2005.
Un an plus tard, il rejoint l'IUT de Lyon où il enseigne au département génie civil. Il est également chercheur au laboratoire Deep (déchets, eaux, environnement, pollutions) de l'Insa Lyon. Depuis 2016, il est habilité à diriger des recherches.