Jean-Manuel Soussan est titulaire d'un DEA de droit social. Il rejoint le groupe Bouygues en 1995 comme chef de service ressources humaines de sa filiale Nord, Norpac. Deux ans plus tard, il est nommé directeur des ressources humaines de GTB Construction avant de rejoindre la filiale Bouygues au Royaume-Uni au poste de directeur des ressources humaines.
En 2005, il est promu directeur du développement des ressources humaines à la direction centrale des ressources humaines de Bouygues Construction. Ce qui le mène six ans plus tard au poste de directeur des ressources humaines du groupe.