Jean Paul Albertini est Diplômé de l'Institut d'Etudes Politiques de Paris et licencié en droit, il a été nommé auditeur à la Cour des comptes à sa sortie de l'ENA. Jean-Paul Albertini a rejoint le ministère de l'aménagement du territoire et de l'environnement de 1999 à 2002 où il a travaillé aux côtés de Dominique Voynet et d'Yves Cochet, d'abord en tant que conseiller technique puis en tant que directeur de cabinet.
Membre de la 6e chambre de la Cour des Comptes entre 2002 et 2006, il deviendra directeur général de la SEMAEST, société d'économie mixte de la ville de Paris de 2006 à 2012.
Jean-Paul Albertini était depuis juin 2012 conseiller spécial auprès de la ministre de l'Ecologie.