Joseph Pronost a entamé sa carrière au Centre de Recherche du groupe papetier Kaysersberg, en tant qu'Ingénieur Recherche et Développement en charge de l'appui technique aux procédés de traitement des eaux des usines de ce groupe. Il a exercé ensuite des fonctions d'Ingénieur d'Etudes chez SAFEGE pour la maîtrise d'œuvre d'unités de production d'eau potable, de réseaux d'assainissement et de traitement d'eaux résiduaires urbaines et industrielles.
En 1993, Joseph Pronost rejoint le Centre National de Formations aux Métiers de l'Eau (CNFME) de l'Office International de l'Eau, en tant que Chargé de Formations et d'Etudes puis Responsable de la Qualité et dernièrement Responsable du Développement et de l'International du CNFME.