Fabriqués à partir de plantes comme le blé, le colza, le maïs ou la canne à sucre et mélangés à de l'essence ou à du gazole, il est vrai que les agrocarburants ont des atouts au regard des carburants d'origine fossile. On notera qu'ils contribuent à diminuer certains impacts globaux et représentent un élément de réponse à l'augmentation du coût des carburants et à la baisse des réserves pétrolières. De plus, ils contribuent faiblement aux émissions globales de gaz à effet de serre liée à l'automobile puisque le dioxyde de carbone rejeté lors de la combustion des biocarburants est en grande partie absorbé lors de la croissance des plantes qui servent à le fabriquer : il n'y a pas d'apport de carbone fossile dans l'atmosphère.
Toutefois, depuis que leur développement s'accélère, l'intérêt de ces carburants est de plus en plus remis en question. Selon les études, le bilan environnemental des biocarburants reste terriblement contrasté. Plusieurs organismes ont alerté sur les risques de déforestation accrue liés aux besoins d'espace pour ces nouvelles cultures. Ils font également concurrence au secteur alimentaire et sont à l'origine d'une hausse des prix des denrées qui menace les populations les plus pauvres de la planète. De plus, les biocarburants peuvent avoir un impact négatif sur l'environnement (la biodiversité, la qualité des sols et la ressource en eau) car ils sont généralement issus de cultures intensives, consommatrices d'engrais et de pesticides. C'est d'ailleurs la raison pour laquelle certains souhaitent un changement définitif de la dénomination Biocarburant au profit du terme Agrocarburant. Enfin, les méthodes de production entraînent une consommation élevée d'énergie. C'est dans ce cadre que des efforts de recherche sont consentis pour développer la deuxième génération de biocarburants, à base de ligno-cellulose.
Pourtant, la flore terrestre n'est pas la seule éligible à la production de carburants. Dans ce contexte, le projet SHAMASH de l'institut national de recherche en informatique et en automatique (INRIA), financé par l'ANR (Agence Nationale de la Recherche) et soutenu par les pôles de compétitivité Mer (Toulon) et Capénergies (Cadarache), a pour objectif de produire à l'horizon 2010 un nouveau biocarburant à partir de microalgues autotrophes.
Ces microorganismes d'une taille de l'ordre de 2 à 40 millièmes de millimètre ont en effet des avantages sur les espèces oléagineuses terrestres : ils peuvent accumulerjusqu'à 50% de leur poids sec en acides gras, permettant d'envisager des rendements à l'hectare supérieurs d'un facteur 30 aux espèces oléagineuses terrestres , explique l'Institut national de recherche en informatique et en automatique de Sophia-Antipolis, chargé du projet.
En outre, selon les chercheurs, toujours comparativement aux espèces oléagineuses terrestres, ces microalgues présentent de nombreuses caractéristiques favorables à une production d'acides gras. Si les biocarburants des céréaliers sont accompagnés de pesticides et des engrais, la culture de microalgues en serre à grande échelle n'a pas besoin d'apport de produit phytosanitaires et permet de maîtriser le cycle de l'azote et du phosphore en contrôlant le recyclage des éléments nutritifs. Enfin le rendement de croissance et par conséquent des productions à l'hectare est supérieur aux espèces oléagineuses terrestres.
Les chercheurs estiment entre 200.000 et plusieurs millions le nombre d'espèces d'algues existantes ; un nombre bien supérieur aux 250.000 espèces de plantes supérieures recensées. Une telle diversité non exploitée constitue un réel potentiel pour la recherche et l'industrie et les atouts des microalgues semblent en faire d'excellentes candidates pour la production de biocarburants. Tout l'objet du projet sera d'évaluer la viabilité technique et économique d'une telle filière de production.
Ce programme, qui a démarré en décembre 2006, est finance sur trois ans à hauteur de 2,8 millions d'euros. Il réunit 8 équipes et entreprises françaises. Coordonné par Olivier Bernard charge de recherche à l'INRIA, il intègre des spécialistes de la culture, de la physiologie et de l'utilisation de microalgues, des spécialistes de l'optimisation des procédés biotechnologiques ainsi que des spécialistes des biocarburants et de l'extraction et de la purification de lipides.