Nicolas Bauduceau est ingénieur agronome diplômé de l'Inra. Il est également titulaire d'un DEA en économie internationale. Il entame sa carrière en 2000 au sein du Plan Loire (risque inondation). Trois ans plus tard, il intègre le bureau d'études AScA (risques naturels).
En 2006, il est recruté par le Centre européen de prévention du risque d'inondation (Cepri) en tant que chargé de mission. A partir de 2010, il devient directeur adjoint puis directeur scientifique et technique du Centre.