Le texte vise à encadrer les cultures et les essais d'OGM et porte transposition des directives 98/81/CE du 26 octobre 1998 et 2001/18/CE du 12 mars 2001 relatives respectivement à l'utilisation confinée de micro-organismes génétiquement modifiés et à la dissémination volontaire d'organismes génétiquement modifiés dans l'environnement. Menacée d'amendes et régulièrement rappelée à l'ordre par la commission européenne, la France était dans l'obligation de transposer ces directives. Initialement, le gouvernement avait choisi de faire examiner le projet de loi selon une procédure d'urgence ne prévoyant qu'une lecture par chambre (Sénat puis Assemblée nationale).
Mais finalement, même adopté en première lecture le 26 mars 2006 par le Sénat, le texte n'ira pas à l'Assemblée Nationale. Déjà, le 19 octobre dernier, le ministre délégué aux Relations avec le Parlement, Henri Cuq, avait annoncé dans l'émission Questions d'infos de LCP-AN/France Info/Le Monde que la transposition de la directive de l'UE sur les OGM se ferait par décret mettant fin à l'examen du projet de loi sur les OGM. Ces propos sont aujourd'hui confirmés par le ministre délégué à la recherche François Goulard.
Les réactions ne se sont pas fait attendre et ont provoqué de toute part des protestations. Pour Eric Delhaye, porte-parole de CAP 21, le parti écologiste présidé par Corinne Lepage les parlementaires se retrouvent privés d'un débat qui relève de leur compétence et de leur responsabilité au regard des enjeux que posent à la société française l'expérimentation, la commercialisation et la dissémination des OGM. De son côté, le porte-parole des Verts, Yann Wehrling estime que le gouvernement escamote sciemment le débat sur les OGM à la veille des élections. 82 % des Français leur sont hostiles. Pourtant, la droite utilise tous les coups bas institutionnels pour donner satisfactions en catimini aux semenciers, indique-t-il dans un communiqué. Monsanto a rendu public un courrier confirmant l'imminence de la publication de ces décrets dans une lettre datée du mois de février. Ainsi, en France, les industriels proches du gouvernement disposent d'informations avant les élus du peuple et des citoyens eux-mêmes, s'interroge-t-il.
Dans un courrier envoyé aux ministres Français de l'Agriculture, de la Recherche et de l'Ecologie ainsi qu'au Premier ministre, l'Alliance pour la planète a demandé au gouvernement français de mettre en place immédiatement un moratoire sur les cultures d'organismes génétiquement modifiés, avant les semis du printemps 2007 soulignant que cette demande est en adéquation avec celle exprimée par les 86 % de Français qui souhaitent l'interdiction des OGM (sondage CSA/Greenpeace, septembre 2006). Le groupement d'associations considère qu'une levée des contraintes réglementaires par décrets du gouvernement constituerait un déni de démocratie scandaleux et inacceptable. Les membres de l'Alliance mettront en œuvre tous les moyens, y compris juridiques, pour contrecarrer ces décrets et informer largement le grand public sur ce qui constituerait, à leurs yeux, un déni de démocratie, écrivent les auteurs Arnaud Apoteker, de Greenpeace France et Chantal Jaquet, du groupe OGM à l'Alliance pour la planète dans la lettre adressée aux ministres.
Enfin, la Fédération Nationale d'Agriculture Biologique des régions de France s'insurge contre le fait que des arrêtés régissent la coexistence entre cultures OGM et non OGM en 2007. Sans débat démocratique à l'Assemblée nationale, un moratoire sur toute culture de maïs génétiquement modifié est la seule issue possible pour cette année. La façon de procéder du gouvernement est irresponsable et conduira de façon certaine à amplifier la résistance et les destructions des parcelles identifiées OGM, estime la FNAB dans un communiqué.