Ingénieur en chef des Ponts, des Eaux et des Forêts, Pascal Mignerey était de 2008 à 2012, conseiller pour les transports, le développement durable et l'urbanisme à la Délégation interministérielle à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale (DATAR), qui est un service du Premier ministre.
Précédemment, il a été chef de mission en charge du développement durable et de la stratégie à la direction générale de la Mer et des Transports, et sous-directeur de la stratégie et des politiques intermodales à la direction des Transports terrestres.
Pascal Mignerey a également été responsable des opérations autoroutières concédées et de l'économie du transport maritime au ministère des Transports. Auparavant, il avait exercé pendant dix ans en tant que chef de mission dans une société d'ingénierie internationale.