Paul Michelet est ingénieur général des ponts, des eaux et des forêts. Il est spécialiste en hydrologie/hydraulique mais également agronome. Il a entamé sa carrière en 1980 au sein de la Direction régionale de l'Office national des forêts de Guyane. Il a poursuivi son parcours au sein de directions régionales dans les domaines de l'eau et de l'agriculture. A partir de 1990, il rejoint l'agence de l'eau Rhône-Méditerranée et Corse où il était notamment en charge de la mise en œuvre de la directive cadre sur l'eau. Directeur régional de l'environnement de Lorraine en 2004, Paul Michelet est nommé directeur général de l'agence de l'eau Rhin-Meuse, quatre ans plus tard.
Paul Michelet est également membre de l'équipe de préfiguration de l'agence française pour la biodiversité (AFB), en charge du dialogue social, de l'accompagnement du changement, ainsi que la mise en place des fonctions support et des questions budgétaires. Il traite les questions relatives aux futures fonctions de l'Agence au niveau national en matière d'appui aux stratégies, d'évaluation, de recherche et d'expertise, précise le communiqué de l'Onema.