La contamination du Rhône et surtout de ses poissons a été révélée dans le cadre du plan de surveillance de la qualité des aliments, au cours du premier semestre 2005. Des teneurs élevées en PCB avaient été retrouvées dans des brèmes prélevées dans une dérivation du Rhône : le canal de Jonage. Depuis, plusieurs campagnes successives de prélèvements et d'analyses ont été menées sur plusieurs espèces de poissons et sur les sédiments. Les analyses ont montré une contamination des poissons sur tout le linéaire du Rhône, du barrage de Sault-Brenaz (Ain) jusqu'à la mer avec un dépassement fréquent de la limite réglementaire de 8 pg/g. Ces résultats ont conduit les préfets de département concernés, à interdire en juin et août dernier la consommation de poisson sur l'ensemble du fleuve. Quant aux sédiments superficiels, ils témoignent d'une contamination étendue, mais en nette diminution par comparaison avec les couches plus profondes et plus anciennes, 5 fois plus contaminées en PCB. Selon le Cemagref, auteur de l'étude, les caractéristiques de la contamination des poissons suggèrent une contamination diffuse, trouvant son origine dans les sédiments stockés dans le fleuve, ou dans les matières en suspension remobilisées par les crues.
Rappelons que les PCB sont des contaminants environnementaux liés à l'activité humaine. Ces molécules ont été utilisées massivement sous le nom commercial Pyralène jusque dans les années soixante-dix pour la fabrication des transformateurs électriques, en raison de leur grande stabilité thermique et leurs caractéristiques électriques. Mais ces produits se sont avérés rapidement nocifs pour l'environnement et pour l'homme s'ils sont ingérés régulièrement sur de longues périodes. S'ils sont insolubles dans l'eau, les PCB s'avèrent solubles dans les graisses et s'accumulent dans la chaîne alimentaire. En France, la commercialisation d'appareils contenant des PCB a été interdite en 1987. Leur utilisation est limitée aujourd'hui et jusqu'en 2010 aux anciens systèmes clos comme les condensateurs électriques et les transformateurs, suite à la transposition d'une directive européenne.
Par conséquent, l'origine spatiale et temporelle de la pollution est délicate à déterminer. La présence sur les bords du Rhône de la société Trédi spécialisée dans le traitement des transformateurs, cristallise les soupçons des associations de protection de l'environnement représentée dans la région par la Fédération Rhône Alpes de Protection de la Nature (FRAPNA) appuyée par la France Nature Environnement et le WWF. Dans son rapport d'analyse, le Cémagref a également clairement identifié cette source sous contrôle mais selon l'institut les flux actuellement émis par cette source n'expliquent cependant pas à eux seuls la situation présente.
Les associations qui tentent d'alerter sur cette pollution depuis plus de 20 ans veulent profiter de « l'effet Grenelle de l'environnement » pour faire la lumière sur cette affaire. Elles demandent aujourd'hui que les analyses se poursuivent et qu'elles soient étendues à d'autres fleuves français comme la Seine même si elles redoutent déjà les résultats.