Philippe Bonnave est diplômé de l'Ecole centrale de Lille. Il rejoint Bouygues Construction en 1988 et exerce des responsabilités de directeur général de filiales en France et en Europe, annonce le communiqué du groupe. En 2003, il est nommé directeur général des filiales régionales Bouygues Entreprises France-Europe.
Sept ans plus tard, il préside l'entité Bouygues Travaux publics. Dans la foulée, il devient directeur général délégué de Bouygues Construction, en charge de Bouygues Entreprises France-Europe, de Bouygues Travaux publics et du pôle Concessions.