Philippe Kunter est diplômé de l'Ecole supérieure de commerce IPAG et de l'Institut des hautes études de défense nationale (IHEDN). Il a entamé sa carrière en 1985 en tant que responsable du contrôle de gestion au sein du groupe Havas. Il a ensuite intégré le monde bancaire avec des postes à responsabilités au sein de la Banque populaire et du Crédit agricole.
A partir de 2002, il rejoint la Caisse des dépôts dont il fait l'audit central puis il est nommé secrétaire général et directeur des ressources humaines en 2004. Neuf ans plus tard, il est promu directeur de la consolidation des risques groupe de Bpifrance.