Président du conseil d'administration du groupe Limagrain depuis 1992, Pierre Pagesse préside également le comité stratégique Biogemma, société en biotechnologies végétales issue du monde agricole. Il est depuis 1999 vice-président de Génoplante, partenariat de recherche public-privé sur un programme fédérateur français de recherche en génomique végétale, président depuis 2005 de Céréales Vallée, pôle de compétitivité français sur l'innovation dans les céréales et membre du Praesidium de la Confédération générale des coopératives agricoles de l'Union européenne (Cogeca).
Depuis 2005, il est fondateur et président de Momagri, mouvement pour une organisation mondiale de l'agriculture.