Afin de limiter ces risques, les instituts de recherche français comme l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) travaillent à la mise en place de nouvelles pratiques agricoles limitant l'usage des pesticides en amont. À l'issue du Grenelle de l'environnement un objectif de réduction de 50% s'est d'ailleurs dégagé des débats même si aucune échéance n'a été fixée.
En parallèle de cette réduction en amont, d'autres recherches portent sur le traitement en aval des pollutions conséquentes à l'épandage de pesticides. Le Cemagref par exemple, axe ses recherches sur l'épuration naturelle des eaux de ruissellement et de drainage issues des parcelles cultivées. L'équipe PHYLEAU se penche depuis plusieurs années sur cette problématique et cherche à diminuer les transferts de polluants agricoles vers les cours d'eau en aménageant des zones tampons naturelles épuratives ne consommant aucune énergie et nécessitant peu d'entretien. Les premières études ont été menées sur les bandes enherbées et boisées qui ont, depuis, prouvé leur efficacité et sont désormais fortement encouragées dans les exploitations agricoles. Elles sont désormais obligatoires dans le cadre du versement de certaines aides de la Politique Agricole Commune par exemple.
Aujourd'hui les recherches se tournent vers le rôle des fossés végétalisés et des zones humides artificielles. Le rôle épuratoire des fossés en bordure de parcelles a été présumé dès les années 1990. Dans le cadre d'une thèse, les chercheurs ont remarqué dans un fossé encombré de végétaux en décomposition, une réduction du transfert de certaines molécules de pesticides d'au maximum 50%. Des travaux expérimentaux plus complets ont mis en évidence qu'une fois adsorbés à la surface des sédiments ou de la matière organique contenue dans les fossés, les pesticides peuvent être dégradés par les bactéries du milieu ou par des réactions physico-chimiques. Cependant, pour être efficaces, ces processus épuratoires ont besoin de temps.
C'est pourquoi, les chercheurs ont concentré leurs travaux sur l'aménagement de zones humides artificielles en amont des rivières afin de freiner les écoulements d'eau chargée en pesticides. Ces recherches ont donné lieu au projet baptisé Artwet autrement dit « réduction de la pollution diffuse due aux produits phytosanitaires et phytoremédiation dans les zones humides artificielles ». Projet LIFE Environnement débuté en octobre 2006 pour une durée de trois ans, Artwet regroupe des partenaires français, allemands et italiens coordonnés par l'école nationale du génie de l'eau et de l'environnement de Strasbourg (ENGEES). Dans le cadre de ce projet, des dispositifs tels que les fossés végétalisés, les bassins d'orage à vocation hydraulique, les zones humides naturelles, aménagées, agricoles ou forestières sont mis en place en amont des rivières, testés puis optimisés en agissant sur différents paramètres comme la microflore et la végétation, le temps de séjour et les volumes d'eau traités. Les chercheurs suivent les flux à l'entrée et à la sortie des périmètres expérimentaux. L'objectif est de caractériser les transferts en tenant compte de la topographie des parcelles, des propriétés des molécules et des pratiques agricoles. L'analyse de ces transferts permettra de cibler les périodes de traitement des écoulements en fonction des pics de pollution. En parallèle, des recherches visent à améliorer la performance des processus épuratoires.
Des tests sont également en cours à l'échelle de lagunes agrémentées de roseaux. À l'image de ce qu'il a mis au point concernant les traitements d'effluents riches en matière organique, le Cemagref développe un système similaire pour le traitement des pesticides. Dans le cadre du projet TRUSTEA dédié au traitement rustique des eaux agricoles, des tests sont en cours à Lyon sur des lits plantés de roseaux à écoulement horizontal. L'étude de la capacité épuratrice de ce dispositif a pour objectif d'optimiser les zones humides artificielles et de réduire au maximum leur emprise foncière.
L'objectif souhaité par le Cemagref et ses partenaires consiste au final à mettre au point des dispositifs « rustiques » pour une meilleure intégration dans le paysage, pour assurer un faible coût de construction et de gestion et pouvoir être ainsi adopté, à terme, plus facilement sur l'ensemble du territoire européen. Les recherches n'en sont qu'à leur début mais face aux exigences de la Directive cadre européenne sur l'eau qui fixe un objectif de bon état écologique des masses d'eau d'ici à 2015, le Cemagref mise autant que possible sur ces dispositifs pour offrir de bonnes perspectives pour restaurer l'état écologique des cours d'eau dans les régions agricoles.