Le Conseil d'Etat s'est appuyé, pour rendre cette décision, sur l'arrêt de la Cour de justice des communautés européennes du 22 janvier 2009. Il avait en effet saisi la juridiction européenne à titre préjudiciel dans le cadre d'un contentieux initié par des associations de protection de l'environnement.
Système d'« animaux-équivalents »
Cette dernière considère que la notion de « volaille » qui figure dans la directive IPPC doit être interprétée comme englobant les cailles, les perdrix et les pigeons. Et que cette même directive s'oppose à une réglementation nationale conduisant à calculer les seuils d'autorisation d'installations d'élevage intensif à partir du système d'« animaux-équivalents » reposant sur une pondération d'animaux par emplacement selon les espèces, de manière à prendre en compte la teneur en azote réellement excrétée par les différents volatiles.
Ce qui peut être source d'interrogation est le fait que le Conseil d'Etat annule la dernière version de cette rubrique pour être fondée sur un système d'« animaux-équivalents ». Or, la version antérieure, qu'il rétablit de fait, prévoit également une comptabilisation en animaux-équivalents.
La CJCE estime toutefois, dans son arrêt, que l'utilisation d'une méthode d'« animaux-équivalents » ne devrait être admise que si elle assure le plein respect de la directive IPPC, à savoir la prévention et la réduction des pollutions provenant de certaines activités, dont l'élevage intensif de volailles. Le recours à cette méthode ne saurait, en revanche, selon la Cour, avoir pour effet de soustraire au régime institué par ladite directive des installations qui en relèvent eu égard au nombre d'emplacements qu'elles totalisent.
Exonération d'autorisation
Selon l'avocat général, le décret du 10 août 2005 conduisait à exonérer de la procédure d'autorisation les installations d'élevage comprenant de 40.001 à 240.000 cailles ou de 40.001 à 120.000 perdrix ou pigeons, alors même que ces installations sont susceptibles de produire une quantité d'azote, de phosphore, de cuivre et de zinc supérieure à celle produite par un élevage intensif de 40.000 poulets standard.