Concrètement, le MEEDDAT s'organise désormais autour de six grandes directions. La direction générale de l'énergie et du climat (DGEC) assure la définition de la politique française en la matière et est chargée de définir les politiques d'orientation de l'offre d'énergie y compris les énergies renouvelables et de la sécurité des approvisionnements. Elle doit également élaborer les politiques de maîtrise de la demande d'énergie et des émissions de gaz à effet de serre en jouant par exemple conjointement sur la qualité des combustibles et des carburants. La DGEC se charge par ailleurs des politiques de lutte contre les pollutions atmosphériques et des politiques d'adaptation aux changements climatiques.
La Direction générale des infrastructures, des transports et de la mer (DGITM) est quant à elle chargée de la définition d'une politique de transports transversale sans distinction de mode. Elle est responsable de la programmation des infrastructures « tous modes », doit favoriser le report modal et s'assurer de la bonne gestion et du bon entretien du patrimoine correspondant. La DGITM s'occupe également de mettre en oeuvre une régulation économique appropriée de ce secteur et des services de transports de personnes et de marchandises tout en garantissant la sécurité des infrastructures.
Une direction spécifique est dédiée à l'aviation civile (DGAC) et assure l'ensemble de la gestion de l'aviation. À ce titre, elle est chargée des infrastructures, de la régulation économique du secteur, de la navigation aérienne, du contrôle et de la sécurité.
Une quatrième direction est responsable de l'aménagement, du logement et de la nature (DGALN). Par conséquent, elle élabore, anime et évalue les politiques de l'urbanisme, de la construction, du logement, des paysages, de la biodiversité, de l'eau et des matières premières non énergétiques. Elle veille à leur condition de mise en oeuvre sur le territoire terrestre et marin, dans un souci de cohérence à l'échelle du territoire et dans un objectif de gestion rationnelle et équilibrée des ressources.
La Direction générale de la prévention des risques (DGPR) est pour sa part chargée de coordonner la prévention de tous les types de risques en assurant une meilleure cohérence dans leur traitement. Elle a en charge la prévention des risques naturels et la gestion de tous les risques hydrauliques afin de faciliter une approche intégrée des risques d'inondation, réunissant les services compétents en matière d'alerte météorologique, de prévention des crues et de sécurité des installations hydrauliques. Elle doit en outre favoriser une meilleure prise en compte des problématiques liées aux risques émergents et prépare par conséquent la contribution du ministère à la politique de santé dès que cette dernière est liée à l'environnement.
Enfin, une dernière direction est spécifiquement dédiée à la sécurité et à la circulation routières (DSCR). Elle élabore et met en oeuvre la politique de sécurité routière et apporte son concours à l'action interministérielle conduite dans ce domaine.
Notons que dans le cadre de cette réorganisation, les effectifs du MEEDDAT seront d'ici à 2009 regroupés à la Défense. Le ministère s'est engagé à vendre le principal immeuble qu'il occupe dans le 7ème arrondissement de Paris avenue de Ségur.
Des structures d'appui plus transversales
Les six directions doivent décliner la politique générale du MEEDDAT établie en amont par le Commissariat Général au Développement Durable (CGDD). Le CGDD est en effet chargé de définir la stratégie nationale de développement durable et de porter la stratégie du ministère en assurant notamment le pilotage et le suivi des actions prioritaires du Grenelle environnement. Son rôle est aussi d'impulser les projets d'envergure notamment lorsqu'ils relèvent des attributions de différentes directions générales. Le CGDD anime également la réflexion prospective, coordonne les politiques de recherche pour favoriser l'innovation et pilote le système d'observation et de statistiques. Enfin, il favorise l'intégration des préoccupations de développement durable, notamment en matière de protection de l'environnement, dans l'action des acteurs publics et privés.
En aval, le Conseil général de l'environnement et du développement durable (CGEDD) récemment créé, représente « l'Autorité environnementale » prévue par les directives européennes pour l'évaluation environnementale des « plans et programmes ». Issu de la fusion du conseil général des ponts et chaussées et de l'inspection générale de l'environnement, le CGEDD est placé sous l'autorité directe du ministre d'Etat. Il est également l'instrument de conseil, d'expertise, d'inspection ou d'audit et d'évaluation du MEEDDAT et des différents autres ministères ou autorités publiques qui peuvent le solliciter.
Un service de contrôle et de conseil spécifique à la mer a été créé à travers l'inspection générale des affaires maritimes. Regroupant l'inspection générale des services des affaires maritimes et l'inspection générale de l'enseignement maritime, ce service informe et conseille le ministre pour l'exercice de ses attributions dans les domaines de la mer. Elle exerce également en son nom une mission d'inspection générale qui porte sur la régularité, la qualité et l'efficacité de l'action des services ayant compétence dans les domaines de la mer.
Enfin, le Secrétariat général (SG) pilote l'ensemble des fonctions transversales et administratives du ministère. Il définit la stratégie d'évolution et de modernisation du ministère, coordonne l'ensemble des services et participe à leur évaluation.
Fusion des services régionaux et départementaux
La réorganisation touche aussi les services déconcentrés régionaux et départementaux. Ainsi, les directions régionales de l'Equipement (DRE), les directions régionales de l'Industrie, de la Recherche et de l'Environnement (DRIRE) et les directions régionales de l'environnement (DIREN) fusionneront en trois vagues jusqu'à 2011, pour faire place aux directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement (DREAL). Les directions départementales de l'Equipement (DDE) et les directions départementales de l'Agriculture et de la Forêt (DDAF) fusionnent également pour constituer les directions départementales de l'équipement et de l'agriculture (DDEA), jusqu'à la mise en place des directions départementales des territoires, dont elles constitueront l'axe essentiel.