Les cas mineurs seront considérés comme des infractions pénales s'ils endommagent la qualité de l'eau et s'ils sont répétés, délibérés ou commis à la suite d'une négligence grave.
Si l'acte commis n'entraîne pas une détérioration de la qualité des eaux, les États membres pourront classer comme infraction administrative les rejets illicites des navires de substances polluantes de moindre importance.
La directive ne détermine pas en revanche le type ou le niveau exact de sanctions. Cette question relève des États membres.
Avec ces nouvelles mesures, les eurodéputés espèrent ainsi mettre fin à la pratique de certains responsables de navires qui préfèrent polluer parce qu'il leur revient moins cher de payer la sanction administrative que de respecter la législation.