Selon le rapport 2011 sur la qualité des cours d'eau (1) et des nappes souterraines publié par l'agence de l'eau Rhône Méditerranée Corse le 20 mars, "la moitié des rivières est en bon ou très bon état écologique, un résultat encore éloigné de l'objectif des 66% fixé pour 2015".
Les déformations physiques et les pollutions par les micropolluants font partie des causes majeures de mauvais états de certains cours d'eau. Ainsi, "les zones d'agriculture intensive (bassin de la Saône, vallée du Rhône, Lauragais dans l'Aude) ou fortement urbanisées (pourtour méditerranéen) et les cours d'eau impactés par l'énergie hydraulique (nord des Alpes) affichent des états moyens à mauvais".
Près de 40% des cours d'eau et 20% des nappes d'eaux souterraines sont pollués par une ou plusieurs substances pesticides. Les analyses ont permis de retrouver 210 substances phytosanitaires dans les eaux superficielles et 129 dans les eaux souterraines, dont une partie sont des substances interdites de commercialisation et d'utilisation depuis plusieurs années (respectivement 49 et 20). Le glyphosate, substance active du Roundup, reste le pesticide le plus retrouvé dans les cours d'eau : il a été quantifié dans 50% d'entre eux et contaminerait les trois quarts des cours d'eau suivis.
Certaines améliorations sont néanmoins soulignées par le rapport. Le taux de poissons d'eau courante dans le Rhône a augmenté de 15 à 70% grâce à l'augmentation du débit réservé du fleuve et au recreusement de lônes (2) à l'aval de Lyon.
Les pollutions organiques ont été divisées par 10 en vingt ans grâce à la mise aux normes des stations d'épuration urbaines et industrielles. "La concentration en ammonium dans les rivières a été divisée par 10 en 20 ans. Sur le Rhône, ce sont 30 tonnes d'ammonium par jour qui transitent en moins à l'aval de Lyon. L'ammonium est responsable de la prolifération des végétaux aquatiques et l'une de ses formes, l'ammoniaque, est hautement toxique pour les poissons", indique l'agence de l'eau.
Une pollution véhiculée jusqu'à la Méditerranée
Cette pollution est véhiculée jusqu'à la Grande bleue, souligne le rapport : le Rhône est en effet la première voie d'apports fluviatiles de la Méditerranée. En 2011, 2.400 tonnes de zinc, plusieurs dizaines de tonnes de pesticides, 40 tonnes de HAP, 100 kg de PCB et 120 tonnes de contaminants organiques auraient été transportés jusqu'à la mer.