Agé de 55 ans, Louis Fernique a débuté comme ingénieur spécialisé en urbanisme dans les services locaux du ministère français en charge des infrastructures et des transports.
A partir de 1994, il s'est orienté vers des fonctions à l'international, d'abord à Madagascar comme chef de projet pour la réorganisation de l'entretien routier au sein du ministère des TP, puis comme expert en politique des transports à la Banque mondiale (basé successivement à Washington DC et à Bruxelles).
En 2004, il a rejoint son ministère d'origine pour établir la nouvelle Agence de financement des infrastructures de transport de France – l'AFITF, avant de traiter les affaires internationales de la Direction générale des routes puis de manager le projet interministériel d'éco-redevance poids lourds. A la tête de l'Observatoire national interministériel de la sécurité routière en 2009, il était en charge de constituer et de partager la connaissance de l'accidentalité et du risque routier.