Ces propositions sont transversales et intéressent à des degrés divers tous les groupes de travail mis en place. Ainsi la FNSEA propose premièrement une amélioration de la sensibilisation et de la formation des agriculteurs aux bonnes pratiques, l'association des agriculteurs à l'éducation à la consommation durable, la mobilisation de l'enseignement agricole pour la mise en œuvre d'innovations et d'expérimentations en économies d'énergie et demande l'adhésion de la FNSEA au Conseil national du Développement Durable.
La fédération souhaite également un développement accru de la recherche publique et privée pour augmenter la part des produits issus de la biomasse dans les consommations intermédiaires et les produits de grande distribution. Ce soutien à la recherche doit également intervenir dans le domaine de la recherche génomique. Selon la FNSEA, la garantie d'une recherche et d'une expertise sur les OGM au niveau national, y compris en plein champ, permettra à la France de ne pas dépendre de l'extérieur. La fédération souhaite de surcroît la définition d'une politique européenne harmonisée sur le sujet et un cadre clair pour la coexistence des cultures OGM et non OGM.
Par ailleurs, plusieurs propositions de la FNSEA visent à responsabiliser la gestion du foncier agricole comme établir un zonage concerté et pérenne des terres agricoles afin de les insérer dans les documents d'urbanisme pour préserver plus efficacement certains espaces agricoles à fort potentiel agronomique. Le FNSEA souhaite une politique partenariale avec les collectivités pour favoriser la densité urbaine et limiter la consommation des espaces naturels par les infrastructures. Les agriculteurs estiment qu'il faudrait diminuer par deux dès 2008 le nombre d'hectares artificialisés par rapport à la période 2000-2006 (entre 40.000 et 60.000 ha). La FNSEA propose également de développer des filières de valorisation de production non alimentaire sur des sols pollués en lien avec l'ADEME et de créer un fonds d'indemnisation pour les pollutions subies par les exploitations agricoles du fait des activités humaines et industrielles.
Concernant la biodiversité, la FNSEA propose de créer un encouragement financier des collectivités locales à la plantation de haies et de bosquets, de créer un dispositif fiscal adapté à l'implantation de jachères fleuries mais également de mettre en place des « droits biodiversité » à l'instar des « droits carbone » échangeables.
Au sujet de la gestion de l'eau, les entreprises agricoles souhaitent généraliser la gestion collective des prélèvements, inciter aux bonnes pratiques d'irrigation et encourager la création de nouvelles ressources (lacs collinaires). La question de la participation des agriculteurs aux traitements et à la consommation de l'eau n'est en revanche pas abordée.
La FNSEA propose en outre une série d'actions pour progresser dans l'efficacité énergétique des exploitations sous forme de crédits d'impôts par exemple et souhaite engager l'agriculture dans des modes de production durables : développement et pérennisation de l'agriculture biologique, promotion de la certification, optimisation du recyclage des co-produits, réduction de l'utilisation des phytosanitaires, assurer la protection des utilisateurs…
Enfin dans le cadre de la lutte contre le réchauffement climatique, la FNSEA encourage la production de biocarburants et leur utilisation dans les flottes de transports collectifs. Afin de limiter les transports, la fédération préconise la consommation de produits régionaux et propose par exemple la création de point de vente collectif de produits régionaux en milieu urbain. Les entreprises agricoles souhaitent également la mise en place d'un plan biocombustible à l'image du plan biocarburant pour produire d'ici à 2012, 15 millions de tonnes équivalent pétrole par an d'origine biomasse (prairies, forets, bois, paille, effluents d'élevage, miscanthus, graisse…) contre 10,2 millions de tonnes à ce jour. Elles préconisent en outre le développement de la méthanisation, l'augmentation des tarifs d'achat de l'électricité produite à partir de biomasse, d'inclure la commercialisation d'énergie dans la définition de l'activité agricole ou encore de reconnaître la participation de l'agriculture au stockage du carbone.
La FNSEA rappelle surtout que les actions des agriculteurs en faveur du développement durable suppose que les entreprises agricoles dégagent un revenu dans un marché désormais globalisé et concurrentiel, y compris en Europe. Seule la durabilité des entreprises agricoles leur permettra d'exprimer pleinement leur vocation multifonctionnelle : qu'il s'agisse d'économie ou d'environnement, le rôle des entreprises agricoles ne peut réellement prendre corps que dans le cadre d'une politique contractuelle équilibrée.