Diplômé de l'École nationale vétérinaire de Toulouse et de l'École nationale des services vétérinaires, Jean-Marc Bournigal a voué toute sa carrière aux questions agricoles et alimentaires. De 1995 à 1997, il occupe les fonctions de conseiller du cabinet de Philippe Vasseur, alors ministre de l'Agriculture, puis effectue plusieurs missions en France et à l'étranger.
Inspecteur général de la santé publique vétérinaire, il devient délégué pour les affaires agricoles au sein de la représentation permanente de la France auprès de l'Union européenne en 2002, avant d'être nommé Directeur général de l'alimentation (DGAL) au ministère de l'Agriculture en 2006. Il est ensuite nommé Directeur général des politiques agricoles agroalimentaires et des territoires (DGPAAT), en 2009, où il pilote de près les programmes de recherche du Cemagref (devenu Irstea) sous convention du ministère de l'Agriculture. Il est appelé auprès du ministre Bruno Le Maire en tant que Directeur de cabinet, en 2010. En 2012, il est nommé Président d'IRSTEA.
Fondé en 2001, PEER rassemble 7 établissements publics de recherche environnementale, parmi les plus importants en Europe. Centré sur l'homme et son environnement, PEER vise à développer une capacité collective d'analyse des transformations environnementales, de leurs causes et de leurs conséquences.