À travers ce document, l'AEE reconnaît que les pressions environnementales de la production énergétique en Europe ont été réduites sur la période étudiée. Les émissions de substances acidifiantes, de précurseurs de l'ozone troposphérique et de particules rejetées par ce secteur ont chuté de 56 %, 41 % et 47 % entre 1990 et 2003 respectivement. Ces réductions sont dues à une meilleure utilisation des techniques de réduction, à des améliorations de l'efficacité énergétique et au passage du charbon au gaz naturel. Selon l'AEE, ce passage au gaz a été possible grâce aux faibles coûts des équipements et du gaz naturel et au développement des infrastructures. Mais le maintien de ces bas prix n'a pas pu inciter par la suite aux économies d'énergie.
Alors que depuis 2000 les prix augmentent à nouveau, il semblerait que les économies d'énergies ne soient toujours pas la priorité. L'AEE signale dans son rapport que la réduction des pressions environnementales ralentit depuis 1999 et s'est même inversée dans certains pays. Les émissions énergétiques de gaz à effet de serre ont augmenté ces dernières années. Par conséquent les progrès technologiques et l'introduction croissante d'énergies renouvelables sont sapés par des montées subites de consommation d'énergie dues à la demande croissante du secteur des transports qui continuent à utiliser les combustibles fossiles. La consommation d'énergie finale dans les 25 pays de l'UE a augmenté de 11,6 % entre 1990 et 2003.
Par ailleurs, dans un contexte de hausse de la demande en électricité et de réflexion sur la sécurité énergétique, certains pays relancent le débat de l'utilisation de l'énergie nucléaire. Le professeur Jacqueline McGlade, directeur exécutif de l'AEE se dit inquiète : il est important d'assurer qu'une option nucléaire ne fait pas mourir les nouvelles technologies d'énergie alternative ou ne mine les améliorations sur l'efficacité énergétique.
Le rapport rappelle à ce propos qu'une méthode acceptable de traitement des déchets des centrales nucléaires doit encore être identifiée et mise en œuvre.
Si la sécurité d'approvisionnement en énergie et le maintien de la compétitivité du secteur sont des objectifs centraux de la politique énergétique de l'Union européenne au côté de la protection de l'environnement, comme cela a été mis en avant lors du conseil européen de mars 2006, il semblerait que ce troisième objectif ne soit pas pris en compte avec autant d'intérêt que les deux premiers. L'AEE rappelle donc que les trois piliers de la politique énergétique sont intimement liés. Même si elle se félicite de l'entrée en vigueur du système d'échange des quotas de CO2 qui participe à l'intégration des considérations environnementales par un outil de marché, elle encourage l'utilisation des données environnementales pour planifier les investissements et influer sur les prix des énergies. L'AEE estime en effet que les coûts externes liés aux impacts environnementaux ne sont pas encore suffisamment reflétés dans les prix de l'énergie.
Elle insiste également sur la nécessité de poursuivre voire renforcer les politiques de réduction de la consommation qui, sur le plan environnemental ont un effet positif significatif pour un minimum d'investissement. Il est nécessaire d'influer rapidement sur les comportements qui semblent évoluer rapidement dans le mauvais sens : achats de voitures de plus en plus puissantes, d'appareils de plus en plus électroniques ou de réfrigérateurs de plus en plus gros. Pour l'AEE, il faut aller plus loin dans l'information et la sensibilisation.
Enfin, l'Agence Européenne de l'Environnement insiste dans son rapport sur la nécessité de développer un mix énergétique. Bien que les coûts des énergies renouvelables soient encore plus élevés que ceux des combustibles fossiles, il y a un grand potentiel pour qu'elles deviennent plus concurrentielles. Elle encourage pour cela d'investir massivement dans la recherche envers les énergies renouvelables et l'efficacité énergétique mais aussi les technologies encore basées sur les combustibles fossiles.